항균제는 주로 세균과 마이코플라스마 등에 의한 질병 치료에 사용되는바 독감바이러스에는 효과가 없다. 독감바이러스와 세균, 마이코플라스마의 혼합감염이 발생하면 의사는 항독감바이러스 약물과 항균제를 병용하는 것을 고려한다.
명확한 원인이 없이 항균제를 사용하면 약물 람용, 세균 내성 및 약물 부작용과 같은 결과를 초래할 수 있다.
