천연식품은 가공되지 않았지만 절대적으로 안전한 것은 아니다.
우선, 식품 자체에 천연독소나 건강에 해로운 성분이 포함되여있을 수 있다. 례하면 발아된 감자의 솔라닌, 덜 볶은 강낭콩에 들어있는 식물 렉틴 등이다.
다음으로, 천연식품은 생장과정에 토양 속 중금속, 공기중 오염물질 등과 같은 환경오염에 처했을 수 있는데 이는 먹이사슬을 통해 인체에 들어갈 수 있다.
또한 사람마다 체격과 대사능력이 다른바 천연식품에 대한 반응도 다르다. 례를 들어 스타프루트에는 스타프루트독소가 들어있어 신장질환환자가 배출하지 못하고 중독될 수 있다.
따라서 천연식품을 선택하고 섭취할 때 식품의 안전과 건강을 보장하기 위해 식재료의 성숙도, 가공방법 및 자신의 건강상태에 주의를 기울여야 한다.